Клієнти комерційних банків не є безпосередніми учасниками системи електронних платежів. Вони виконують свої платежі лише через комерційні банки, які їх обслуговують і які є абонентами СЕП найнижчого рівня.

Комерційний банк готує початкові платіжні документи одним із способів:
• операціоніст банку отримує паперові документи від клієнтів і створює на їх основі електронні документи за допомогою програми «Операційний день банку»;
• банк отримує електронні платіжні документи від філій засобами внутрішньобанківської платіжної системи;
• банк отримує електронні документи засобами системи «клієнт-банк» від клієнта-відправника.

Усі ці способи передбачають проходження платіжних документів через ОДБ банку - учасника СЕП. ОДБ банківських установ - єдине джерело надходження електронних розрахункових документів у СЕП.

Початкові платіжні документи для передачі у СЕП оформляються в ОДБ у вигляді файла типу А — пакета початкових платіжних документів. Кожний інформаційний рядок файла А містить один платіжний документ. У файлі може бути від 1 до 1000 платіжних документів. В одному файлі А згруповані документи тільки в одній валюті, причому перша літера найменування файла визначає цю валюту.

ОДБ передає сформовані пакети початкових документів в АРМ НБУ СЕП, установлений у банку. АРМ НБУ перевіряє їх на відповідність вимогам, які прийняті у системі електронних платежів, і в разі виконання усіх умов відправляє пакет платіжних документів електронною поштою у РРП, в якій обслуговується цей банк.

АРМ-2 регіональної розрахункової палати працює в циклічному режимі. Цикл обробки (так званий «основний цикл», або «сеанс прийому-передачі») складається з двох частин (режимів):
- пакет прийнятий успішно. Код помилки в квитанції дорівнює 0.
- пакет відхилений у цілому (наприклад, порушення структури пакета, викривлення при передачі лініями зв'язку тощо). Код помилки в квитанції відображає причину відхилення.

Приймання у СЕП або відмова від приймання платіжних документів виконується цілими пакетами, без їх переформування та відокремлення коректних платіжних документів від некоректних. Тобто, якщо в квитанції вказані помилки в деяких документах пакета (навіть тільки в одному), решта платіжних документів цього пакета також не приймається у СЕП, незважаючи на те, що самі по собі вони є коректними.

У випадку, коли банк отримує квитанцію про те, що файл початкових платежів не прийнятий, банк повинен проаналізувати причини відхилення файла, вжити заходів для виправлення (або вилучення) некоректних документів засобами ОДБ та повторно надіслати коректні документи в новому пакеті.