Програмно-технічні комплекси СЕП відповідають трьом рівням структури СЕП.

Рівень Центральної розрахункової палати (ЦРП) обслуговується програмно-технічним комплексом АРМ-1, який виконує:
- перевірку правильності та узгодженості функціонування РРП;
- синхронізацію роботи СЕП (тобто визначає час виконання учасниками основних операцій;
- контроль та балансування міжрегіональних оборотів;
- захист системи від несанкціонованого втручання;
- надання звітної інформації в цілому по системі.

П.Рівень Регіональної розрахункової палати (РРП) обслуговується програмно-технічними комплексами АРМ-2. Це комплекс програмно-технічних засобів, призначений для обслуговування банків регіону та організації взаємодії з іншими розрахунковими палатами. АРМ-2 виконує:
- обмін електронними розрахунковими документами та технологічною інформацією між РРП і банками цього регіону - учасниками СЕП;
- ведення технічних кореспондентських (субкореспондентських) рахунків банку регіону;
- обмін електронними розрахунковими документами з АРМ-2 інших РРП;
- синхронізацію роботи учасників СЕП у межах регіону;
- бухгалтерський та технологічний контроль за проходженням платежів;
- захист електронних розрахункових документів від несанкціонованого втручання;
- застосування санкцій до порушників технології; v- передачу результатів розрахунків на кінець робочого дня до ОДБ регіонального управління Національного банку для відображення проведення коштів через СЕП на реальних коррахунках.

На рівні банків-учасників СЕП використовується програмно-технічний комплекс АРМ НБУ. Це - комплекс програмних і технічних засобів призначений для передачі, приймання та перевірки файлів СЕП між банком-учасником розрахунків і РРП. АРМНБУ виконує:
- перевірку коректності пакетів електронних розрахункових документів, підготовлених банком;
- обмін пакетами платіжних документів та службовою (технологічною) інформацією з РРП;
- передачу електронних розрахункових документів від/до ОДБ банку; захист документів від несанкціонованого втручання;
- довідкові функції.

Кожному банку - учаснику СЕП НБУ присвоюється код банку (МФО). Банки укладають угоди про кореспондентські відносини з регіональними управліннями НБУ, тобто укладають угоду "про відкриття кореспондентського (субкореспондентського) рахунку". Цей рахунок призначений для зберігання власних коштів банків (із статутного фонду, резервного та інших фондів) та проведення ними міжбанківських розрахунків. Кожен з банків має свою внутрішню платіжну систему.

Кореспондентським називається рахунок, який відкривається комерційному банку - юридичній особі. Субкореспондентським - рахунок, який відкривається установі комерційного банку (філії, відділенню, управлінню), що не є юридичною особою. У більшості випадків обслуговування цих рахунків відбувається однаково.

Для позначення кореспондентського і субкореспондентського рахунків у випадках, коли відмінність між ними не є принциповою, застосовують термін "коррахунки". Коррахунки ведуться в електронній формі в регіональному управлінні НБУ. Ведення коррахунків банків покладено на операційні відділи регіональних управлінь НБУ.

Коррахунки ведуться в електронній формі засобами програмного комплексу "ОДБ ОПЕРУ" (операційний день банку операційного управління ) або "ОДБ ОПЕРВ" (операційний день банку операційного відділу).