Державне казначейство України працює сьогодні на принципах, прийнятих для банківської системи. Відповідно до постанови Кабінету Міністрів України від 15.09.1999 року № 1721 воно набуло статусу учасника системи електронних платежів Національного банку України. Тому доцільно розглядати його діяльність в контексті учасника Системи електронних платежів НБУ.

Система електронних платежів Національного банку України (надалі - СЕП НБУ) - це загальнодержавна платіжна система, яка забезпечує здійснення розрахунків в електронній формі між банківськими установами (та їх філіями), як за дорученням клієнтів банків, так і за зобов'язаннями банків один перед одним на території України.

Система електронних платежів є власністю Національного банку України та забезпечує розрахунки між банківськими установами в національній валюті України і в найбільш вживаних іноземних валютах.

СЕП НБУ є закритою системою, де грошові кошти циркулюють у закритому фінансовому просторі та перебувають під суворим емісійним контролем з боку Національного банку.

СЕП базується на повністю безпаперовій технології. Основним режимом роботи є обмін електронними платіжними документами та службовими повідомленнями.

Основними завданнями системи електронних платежів є:
- задоволення потреб економіки, що реформується та розвивається; удосконалення кредитно-монетарної політики, яку проводить НБУ, завдяки отриманню оперативної та точної інформації про переміщення грошових коштів і стан кореспондуючих рахунків;
- мінімізація часу на виконання міжбанківських розрахунків та на обіг грошових коштів;
- високий рівень безпеки міжбанківських розрахунків;
- високий рівень внутрішнього бухгалтерського обліку і контролю.
На систему електронних платежів покладається виконання наступних функцій:
- проведення розрахунків між банками України в національній валюті країни та в інших іноземних валютах;
- ефективне використання тимчасово вільних ресурсів банків;
- контрольні функції НБУ щодо стану кореспондентських рахунків комерційних банків;
- обмін електронною інформацією стосовно проведення розрахунків;
- забезпечення надійності проведення розрахунків;
- багатоступеневий контроль за достовірністю даних на всіх стадіях розрахунків;
- багаторівневий захист інформації від несанкціонованого доступу, використання, викривлення та фальсифікації на всіх стадіях обробки.

Основними законодавчими актами, що стали правовою основою для розробки, впровадження та функціонування СЕП є:
- Закон "Про банки і банківську діяльність";
- Закон "Про захист інформації в автоматизованих системах";
- Закон "Про Національний банк України";

Основними документами НБУ, що регламентують проведення розрахунків за допомогою СЕП, є :
- "Положення про міжбанківські розрахунки в Україні", затверджене постановою № 621 Правління НБУ від 27.12.1999 року. Воно визначає загальний регламент щодо організації та форми міжбанківських розрахунків. Для цього положення поширюється на установи НБУ та комерційні банки України, які здійснюють міжбанківські розрахунки в Україні.
- Інструкція № 7 "Про безготівкові розрахунки в Україні в національній валюті" затверджена постановою № 135 від 29.03.2001 року.
- Взаємні стосунки між регіональними управліннями НБУ та комерційними банками регулюються договірними умовами.